O Prof. Dr. Henrique Costa coordena o Mestrado Profissional desde 2023, sendo responsável pela gestão do curso e pela representação do PMPD. Diferentemente dos programas acadêmicos, que são financiados com recursos da UnB, os programas profissionais têm vocação para o autofinanciamento, o que exige um atuação constante no sentido de viabilizar e gerir os contratos que garantem o custeio das atividades e a continuidade do curso. Essa característica faz com que o Coordenador do Programa seja incumbido de promover a celebração e a execução dos contratos realizados com as entidades parceiras, que financiam as turmas, bem como pela prestação de contas referente a tais acordos.
Coordenadora Adjunta do PMPD A Profa. Dra. Ana Claudia Farranha, além de auxiliar o Coordenador e substituí-lo em seus impedimentos, é responsável por coordenar as atividades de ensino do Programa. Suas atribuições envolvem a promoção do credenciamento dos docentes, a confecção da lista de oferta e a matrícula dos estudantes.
Coordenadora de Pesquisa A Profa. Dra. Maria Pia Dalledone é responsável pelo acompanhamento e gestão das atividades de pesquisa. Compete a ela supervisionar as atividades de pesquisa discente e de orientação, velando para que os estudantes consigam formular seus projetos de investigação, executá-los de forma eficiente e promover a sua devida publicação. Além disso, compete à Coordenação de Pesquisa acompanhar a produção acadêmica de docentes, discentes e egressos, para gerir os bancos de dados referentes a essa produção: Banco de Teses, Banco de Projetos e Banco de Revisões de Literatura.
Coordenador de Desenvolvimento Institucional Todo Programa de Pós-Graduação precisa desenvolver um planejamento voltado a aprimorar sua estrutura institucional e a fixar e implementar políticas voltadas a garantir sua constante evolução. Compete à Coordenação de Desenvolvimento Institucional propor ao Colegiado do Programa instrumentos normativos capazes de regular as atividades do curso, bem como realizar os processos de autoavaliação que promovem a fixação das metas do Programa. Além disso, compete a essa Coordenação conferir a devida publicidade ao PMPD, por meio da gestão de sua página na Internet.
Os coordenadores, em conjunto, e com a participação de um membro do corpo discente, formam a Comissão do PMPD, órgão competente para tomar decisões colegiadas de rotina, voltados a propiciar uma célere resolução das questões de menor complexidade. Temas mais complexos e com impacto no curso são decididos pelo Colegiado do PMPD, formado por todos os professores e por um membro da representação discente.